マリオとヨッシーが乗っていた飛行機がドンキーの住む村に墜落してしまう。マリオ達はクランキーコングの頼みでドンキーとディディーと共にバナナを盗んだクレムリン軍を倒しに行く。一度だけスーパードンキーコング2のディクシーも登場している。また、一度だけヨッシーアイランドの話が登場するが、こちらの話はヨッシーアイランド発売前の掲載であったためにヘリコプターアイテムを取る場面が修正されている（初出時はブロックで変身していたが、単行本時はゲームどおりシャボン玉で変身する）。このドンキー編の途中で明かされたマリオとヨッシーの過去は、マリオたちが過去に行かなかった場合の本来の歴史とも取れるストーリーである。なお、実際のゲームにはマリオとヨッシーは登場しない。
コングファミリー
ディディーコング
ドンキーコングの弟分。当初はドンキーのことを「兄貴」と呼んでいたが、途中から普通に「ドンキー」と呼ぶようになった。
クランキーコング
ドンキーコングの祖父で、元祖ドンキーコング。マリオとは昔のライバルであり、マリオを懐かしがり元祖ライバルであることを明かした（マリオはクランキーに言われるまで元祖ライバルだと気付かなかった）。
ファンキーコング
ドンキーコングの友人。タル航空で運んでくれるが、料金を払わないと運んでくれない（ドンキーが払わなかったせいでマリオやドンキーたちは海の上で落とされた）。なお、実際のゲームでは料金を支払う必要はない。ただしスーパードンキーコング2では料金がかかる。
ディクシーコング
「スーパードンキーコング2」から登場したディディーの恋人。凍ったドンキーたちを投げつけて怒りのネッキー（下記参照）を倒した。
アニマルフレンズ
ランビ
サイ。クリッターたち（下記参照）を一撃で倒した。
エンガード
カジキ。水中面で登場。クランボーにより嘴を折られた。マリオがドリルにはめ替えてクロクトパスの足を引き裂いて倒したが、ヨッシーに食べられそうになった。魚なので、陸上では行動できない。
ウィンキー
カエル。雪原面で登場したが、両生類のため冬眠した。その後、マリオたちにやられたジンガー（下記参照）を食べた。キングクルール戦で加勢したが甲板についた途端に眠ってしまった。
クレムリン軍団
キングクルール
クレムリン軍団のボス。愛称は「キンちゃん」だが、部下がその名前を呼ぶと怒る。最終決戦では、鉄球落としで自爆してペッチャンコになるが、部下に空気を入れられて復活、巨大化。マリオ達に攻撃するが、参戦したエンガードが持って来た黄金像により無敵（ゴールデン）となったマリオに倒され、風船のように空気が抜けて飛んでいってしまった。
クリッター
クレムリン軍団の軍団員。
クラッシュ
トロッコに乗ったクリッター。
ロッククロック
12巻の番外編にて登場したクレムリン軍団の一員。岩に変身することができる。バラバラにされても元に戻る。周囲の岩を集めて巨大化するも、ドンキーが落としたバナナの皮で滑って転倒、バラバラに。さらにドンキーに粉々にされた。
クロバー
「スーパードンキーコング2」から登場したタルに入ったクレムリン軍団の一員。
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