時代が進むと、特定の1音素を特定のヒエログリフで完全に表音文字として表わすアルファベットとしての使用法も生まれた。ロゼッタ・ストーンのファラオ名表記はその一例である。
右からでも左からでも書け、縦書き横書きも同様に行える。読む方向は、生物の形をしたヒエログリフの頭の向きで判断する。
中王国時代にヒエログリフの改革が行われ、使用する文字の数を750程度に抑え、単語の綴りも一定化された。
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ヒエログリフは主に石碑に刻んだりするための正式な文字で、言わば漢字における楷書に相当する。一方パピルスへ手書きするときにはヒエラティック（神官文字）が使われた。これは行書にたとえられる。末期王朝時代の第26王朝頃にはヒエラティックの簡略化が進み、草書体とも言うべきデモティック（民衆文字）となった。
ヒエログリフで表わされる音は1子音から4子音だけで、母音は表記されない。実際にどう発音されていたかについては、ギリシャ語やコプト・エジプト語など、他の言語に借用された単語などから再建される場合もあるが、わからないことの方が多い。